Tapak Kubu Frederik Hendrik adalah sebahagian dari bekas tapak Kota Melaka yang dibina oleh Portugis di atas kota Kerajaan Kesultanan Melayu Melaka. Kubu ini dipercayai berhampiran dengan kawasan bekas Istana Sultan Melaka dan rumah pembesar-pembesar Kerajaan Melayu Melaka. Semasa keagungan Kerajaan Kesultanan Melayu Melaka sebahagian besar aktiviti pemantauan kapal dagang dari perdagangan dunia yang melalui Selat Melaka dari muara Sungai Melaka telah dikendalikan di kawasan ini.

Semasa pemerintahan Portugis, Kota Melaka dilengkapi dengan pembinaan kubu pada setiap penjuru. Kubu Courassa menjadi kubu pertahanan utama Portugis yang menghadap ke laut Selat Melaka. Apabila Melaka ditakluk oleh Belanda pada 1641, kubu ini telah diperbaiki dan dinamakan kubu Frederik Hendrik sempena nama Raja Hendrik yang memerintah Belanda pada tahun 1642 hingga 1647. Pada tahun 1641 dan 1678, kubu ini telah diperkukuhkan semula dengan diperbesar ukuran dan ketinggiannya dan menjadi kompleks utama pertahanan Belanda.

Kubu ini amat penting kepada pertahanan Kota Melaka dan Bandar pelabuhan Melaka. Dari atas kubu yang kukuh dan tinggi ini dapat memberikan gambaran dan panorama sepenuhnya yang berlaku di Selat Melaka dan juga pelabuhan Melaka. Tentera yang berkawal di atas kubu ini dapat melihat segala ancaman yang datang dari Selat Melaka dan akan memberikan tindak balas dalam masa yang singkat.

Kubu ini dilengkapi dengan meriam, peralatan peperangan dan penempatan tentera, pos utama kawalan tentera, bilik simpanan senjata peperangan dan meriam. Di tapak kubu ini juga telah menyimpan banyak khazanah sejarah lama tentang peperangan dan kekuatan yang dimiliki oleh Kerajaan Melayu, Portugis dan Belanda. Pada tahun 2006 dan 2007, Jabatan Warisan Negara telah melaksanakan ekskavasi arkeologi. Penyelidikan ini berjaya mendedahkan struktur tembok kota, Kubu Frederik Hendrik dan menjumpai beberapa rangka manusia. Selain daripada itu terdapat juga artifak lain yang dijumpai seperti manik kaca, peluru meriam, duit syiling lama yang tertanam di dalam kawasan kubu ini.