Dalam era Kesultanan Melayu Melaka, pelabuhan Melaka merupakan pelabuhan utama dunia berdasarkan beberapa faktor. Antaranya kejayaan Melayu Melaka mengawal keselamatan di Selat Melaka dan menguasai arah aliran perdagangan dunia. Sistem perdagangan yang sempurna dengan mewujudkan jawatan Shahbandar bagi menyelia perdagangan di pelabuhan dan memaktubkan peraturan perdagangan melalui undang-undang Laut Melaka juga telah menyebabkan Melaka menjadi pelabuhan yang didatangi oleh pelbagai pedagang dari benua Eropah dan Asia.

Sungai Melaka juga merupakan kawasan perdagangan yang amat sibuk semasa pemerintahan Kesultanan Melayu Melaka dan juga semasa Melaka diperintah oleh Portugis dan Belanda. Di muara sungai ini, berlabuhnya pelbagai jenis kapal yang datang dari Semenanjung Tanah Melayu dan Asia Tenggara, benua kecil Asia, Tanah Besar China, Arab dan Eropah.

Pada penghujung abad ke-18, Sungai Melaka menjadi cetek dan sempit dan tidak sesuai untuk kapal-kapal besar masuk ke muara. Oleh itu, kapal kecil dan tongkang menjadi perantara untuk memunggah barang dagangan dari kapal besar ke darat dan sebaliknya. Pemerintahan Portugis dan Belanda tidak mengamalkan perdagangan bebas yang diamalkan oleh Kerajaan Melayu Melaka. Mereka mengamalkan perdagangan monopoli dan mengenakan cukai yang tinggi mernyebabkan pelabuhan Melaka mundur. Semasa Inggeris memerintah Melaka pula, Inggeris lebih menumpukan kepada Pulau Pinang dan Singapura. Oleh itu, Melaka tidak lagi menjadi perhatian dunia dan tiada kapal yang singgah di pelabuhannya.

Pada tahun 2006, tapak Kota Melaka ditemui semula hasil usaha yang dijalankan oleh Jabatan Warisan Negara yang manjalankan penyelidikan ekskavasi arkeologi. Struktur Kota Melaka berjaya dijumpai semula dan didedahkan kepada umum pada tahun 2008. Kubu Middleburg didirikan semula hasil dari kajian ekskavasi arkeologi, dokumen, laporan dan perbincangan dengan pelbagai pakar bidang arkeologi, sejarah, arkittek, geologi dari dalam dan luar Negara.