Masjid ini telah dibina pada tahun 1890. Masjid ini merupakan di antara masjid-masjid terawal yang dibina di Melaka dan telah diwartakan oleh kerajaan negeri Melaka dibawah Enakmen Pemuliharaan dan Pemugaran 1988. Masjid ini telah dibina oleh masyarakat kampung dan masyarakat setempat secara bergotong-royong dan dibiayai melalui hasil kutipan derma yang dijalankan. Tapak masjid ini diwakafkan oleh seorang individu yang berasal dari kawasan setempat. Namun, identitinya tidak dapat dipastikan kerana tiada sebarang catatan yang dibuat dan ketiadaan generasi terdahulu yang dapat mengesahkan identiti individu ini. Menurut sumber lisan, beliau merupakan seorang yang warak dan berilmu tinggi dalam hal-hal keagamaan.

Semasa pembinaan masjid ini, bahan-bahan binaan dibeli daripada kilang-kilang kayu yang dimiliki oleh orang melayu manakala batu dibeli daripada kilang-kilang yang dimiliki oleh orang cina. Majoriti masyarakat di kawasan tersebut bekerja di kilang-kilang tersebut.

Nama masjid dan kampung Bakar Batu telah diambil bersempena kewujudan banyak bangsal-bangsal batu-bata pada masa suatu ketika dahulu di kawasan tersebut. Kewujudan kilang-kilang dan bangsal-bangsal ini telah mempelbagaikan corak ekonomi masyarakat setempat pada masa itu. Hal ini memberikan banyak peluang pekerjaan kepada penduduk-penduduk setempat selain menjalankan aktiviti bercucuk-tanam seperti menanam padi. Pembinaan masjid Bakar Batu telah siap dalam masa yang agak singkat disebabkan bahan binaan mudah didapati dan diperolehi.