Kedudukannya adalah di antara dua jalan. Bahagian hadapan gereja merupakan Jalan Laksamana manakala embok bahagian belakang bersempadan dengan Jalan Gereja.

Gereja ini telah dibina pada ahun 1849 diatas tapak gereja yang dibina oleh Fr. Gasper de Cruz pada tahun 1553 iaitu selepas lebih 40 tahun Portugis menakluk melaka. Gereja tersebut dikenali sebagai Dominican Conven of Our Lady of the Rosary. Gereja yang telah musnah ini merupakan gereja yang kedua dibina oleh Portugis selepas gereja di kaki Bukit St. Paul ‘Nosa Senhora De Aterio – Our Lady Of The Hill’.

Di atas runtuhan gereja ini telah dibina semula gereja katolik yang diasaskan oleh Rev. Fr. Peter Stephen L. Favre. Gereja ini dinamakan sebagai Gereja st. Francis iaitu mengambil sempena seorang padri yang terkenal yang mula-mula menyebarkan fahaman Katolik di rantau asia semasa pemerintahan portugis iaitu Fr. St. Francis Xavier.

Fr. St. Francis Xavier – dilahirkan di Istana Navera, Sepanyol pada tahun 1497. sejak remaja beliau telah menganggotai kumpulan Jessus yang dikenali sebagai ‘Apostle of the Indies’ untuk menyebarkan fahaman Katolik di seluruh dunia. Pada tahun 1540 beliau ke Lisbon, Portugal untuk menyertai misi Portugal ke India, Asia Tenggara, Jepun dan China. Beliau telah beberapa kali melawat ke Melaka bermula dari tahun 1545. Di Melaka, beliau telah menjalankan aktivitinya dan tinggal di Gereja St. Paul. Beliau meninggal dalam pelayaran ke Negeri China. Mayatnya telah di bawa ke Melaka dan disemadikan di Gereja St. Paul selama sembilan bulan sebelum dipindahkan ke Goa, India. Kesan perkuburannya masih lagi dibiarkan tidak dikambus di runtuhan Gereja St. Paul untuk ditatap oleh generasi hari ini.

Gereja St. Francis ini dibina menyerupai Cathedral of St. Peter di selatan Prancis yang mempunyai dua menara. Ia adalah merupakan salah sebuah Gereja Kaolik yang tertua di Malaysia yang terus digunakan hingga ke hari ini.